Special topics in Theoretical Informatics: Algorithms in Structural Bioinformaticsοφορικής

Semester:
8th
Course Type:
Elective Specialization courses (ΠΜ-E)
Track:
-
Code:
ΘΠ16δ
ECTS:
6
TEACHING HOURS per week
Theory:
3
Seminar:
1
Laboratory:
-
Specializations
Foundations of Computer Science (S1):
-
Data and Knowledge Management (S2):
-
Software (S3):
-
Hardware and Architecture (S4):
-
Communications and Networking (S5):
-
Signal and Information Processing (S6):
-
Related Courses
Course Content

DNA, Αμινοξέα, πρωτεϊνες. Βασικά δόγματα και Γενετικός κώδικας. Δομή μορίων και πρωτεϊνών (πρωτοταγής, δευτεροταγής, τριτοταγής). Δυναμικός προγραμματισμός για την στοίχιση ακολουθιών και την πρόβλεψη δευτεροταγούς δομής RNA. Σύκριση και ταίριασμα γονιδιακών ακολουθιών και 3Δ δομών. Γεωμετρία και πίνακες αποστάσεων για την πρόβλεψη δομής από δεδομένα NMR. Εμβύθιση βεβαρυμένων γράφων σε Ευκλείδειους χώρους. Διαγράμματα Voronoi και Delaunay, εφαρμογή στα α-σχήματα για την περιγραφή της μοριακής επιφάνειας. Ευκλείδειοι μετασχηματισμοί για τις μοριακές διαμορφώσεις. Πειραματικές μέθοδοι για την πρόβλεψη της δομής (Κρυσταλλογραφία ακτίνων Χ, Μαγνητικός συντονισμός πυρήνων). Βάσεις βιολογικών δεδομένων και αναζήτηση σε αυτές. Οπτικοποίηση δομών και άντληση πληροφορίας.

LITERATURE AND STUDY MATERIALS - READING LIST

Bioinformatics Algorithms (Pevzner): https://www.bioinformaticsalgorithms.org/ (Μετάφραση Κλειδάριθμος)
Durbin et al. Cambridge U Press (Μετάφραση εκδ. Πεδίο)

Σημειώσεις και Διαφάνειες από τον διδάσκοντα.